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Web of Science Highly Cited Researcher 高被引學者 (Biology and Biochemistry) (2021)
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Web of Science Highly Cited Researcher 高被引學者 (Cross Field) (2019, 2020)
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World's Top 2% Scientists (Stanford University’s List) (2020, 2021)
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行政院淨零排放路徑工作小組負碳技術工作圈CDR組召集人 (Since 2021.5)
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行政院淨零排放路徑工作小組去碳能源技術工作圈生質能組召集人 (Since 2021.5)
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2021國家農業科學獎環境永續類【傑出團隊】 (名稱:畜牧廢棄物循環加值利用團隊)
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國家新創獎 (2019, 2020)
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科技部未來科技突破獎 (2020)
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行政院未來科技獎 (2019)
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科技部特約研究員 (2018-2021; 2021-2024)
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科技部(國科會)傑出研究獎三次 (2008, 2012, 2015)
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國立成功大學講座教授 (Since August 2016)、特聘教授 (Since August, 2006)
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東海大學榮譽講座 (Since 2018)
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國家型能源計畫總主持人(2009-2020)
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台灣生化工程暨生物技術學會 研究成就獎章 (2017)
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第23屆東元獎 (機械/能源/環境 領域) (2016)
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第十三屆有庠科技講座 (綠色科技 領域) (2015)
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李國鼎榮譽學者 (2015)
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美國醫學暨生物工程學會會士 (Fellow, American Institute of Medical & Biological Engineering, AIMBE) (2015)
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國際生物程序學會會士 (Fellow, International Bioprocessing Association, IBA) (2019)
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中國工程師學會傑出工程教授獎 (2015)
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侯金堆傑出榮譽獎 (環境保護 領域) (2014)
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台灣化工學會頒發之學術獎項:金開英獎 (2016); 化工傑作獎 (2008, 2014); 傑出論文獎 (2010); 石延平教授獎 (2008); 賴再得教授獎 (2007)
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科技部創新創業激勵計畫(FITI)『創業傑出獎』(2019)
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科技部創新創業激勵計畫(FITI)『創業潛力獎』兩項 (2015, 2016)
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國際學術獎項:2014年Outstanding Scientist Award of the International Forum on Industrial Bioprocesses (IFIBiop; http://www.ifibiop.org/) (2014.9)
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擔任科技部工程司化工學門產學合作計畫複審委員 (Since 2020)
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擔任科技部自然司永續學門複審委員 (2013-2016)、諮議委員 (Since 2017)
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擔任科技部工程司化工學門複審委員 (2011-2014; 2018-2021)
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發表近600篇SCI期刊論文 (包括26 篇高被引論文(highly cited paper)以及1篇熱門論文(hot paper)); 平均影響因子 > 6.0
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發表文章刊登在高領域排名及高影響因子的期刊,如Energy and Environmental Science (IF= 38.532; top 1%), Progress in Energy and Combustion Science [IF= 29.394; top 1%], Trends in Biotechnology (IF= 19.536; top 5%), Biotechnology Advances (IF=14.227; top 5%), Renewable & Sustainable Energy Reviews (IF= 14.982; top 5%), Chemical Engineering Journal (IF= 13.273; top 5%), Water Research (IF=11.236; top 1%), Journal of Hazardous Materials (10.588 top 2%), Green Chemistry (IF= 10.182; top 5%), Current Opinion in Biotechnology (IF= 9.740; top 5%), Applied Energy (IF=9.746; top 5%), Bioresource Technology (IF=9.642; top 5%) 等
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總被引次數(Web of Science): 31,442 times (53.5 times per each paper); (Google Scholar): 46,655次
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h-index (Web of Science) =90; h-index (Google Scholar) = 113
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超過50項發明專利及10項技轉案。